Sin embargo, el campeonato no pudo ser terminado debido al comienzo de la Segunda Guerra Mundial. El defensa Ivan Kochetkov fue al frente y después de la guerra defendió los colores del CDKA, camisetas de futbol baratas mientras que Konstantin Ryazantsev firmó por el Spartak. El futbolista Nikolai Ilyin se convirtió en el primer jugador del Torpedo que fue galardonado con el título de Maestro Emérito de los Deportes. El entrenador del club en los años de la posguerra fue Viktor Maslov, quien llevó, junto al talentoso delantero Alexander Ponomarev, al Torpedo al tercer puesto del campeonato de 1945. La temporada siguiente, el equipo terminó en cuarto lugar y Ponomariov se convirtió en el máximo goleador de la URSS, camiseta de futbol baratas por la que recibió el título de Maestro Emérito de los Deportes.