En la temporada 04/05, una vez en marcha el campeonato, Camisetas Irlanda 2022 Baratas – Cuirz Antonio Tapia pasa a dirigir la primera plantilla siendo sustituido por José Mari Bakero con quien de forma apurada se es decimoséptimo y se logra seguir un año más. Su mayor éxito fue ascender a Segunda División en el año 2003, donde se mantuvo tres temporadas consecutivas. El 19 de agosto jugó su primer partido en Primera División contra el Real Betis Balompié. En aquella temporada el equipo hizo una sensacional primera vuelta con un promedio de puntos digno de ocupar puestos que permitían la disputa de la Copa de la UEFA, consiguiendo goleadas apabullantes contra equipos de la zona alta como un Málaga 6 Real Madrid 2 (tres décadas después del 6-0 de 1953) y un Málaga 5 Atlético de Madrid 1 y llegando incluso el Málaga a coliderar la clasificación hasta en dos ocasiones.
El club filial logra ascender la sesión 92/93 a Regional Prefrente, donde debuta la campaña 93/94 con un excelente temporada en la que se proclama Campeón del grupo malagueño con 51 puntos. El joven conjunto malagueño debuta en la categoría de plata durante la temporada 03/04 con el técnico talismán Antonio Tapia ocupando el banquillo y consiguiendo la permanencia en una campaña muy similar a la anterior en cuanto al desarrollo salvo las distancias propias de disputar una categoría superior.
Con un elenco de destacados jugadores procedentes del Atlético Malagueño como Fernando Peralta, Popo, Canillas, Recio, Dany Mariscal, Jose, los hermanos Antonio Hierro y Manolo Hierro y los también hermanos Nacho y Juan Carlos Pérez Frías, el Málaga de Antonio Benítez realizó una gran temporada que le valió el ascenso a Primera División en 1982 como tercer clasificado, retornando a la máxima categoría dos años después con un equipo que, con la excepción de algunas incorporaciones aisladas como el argentino-alemán Regenhardt, heredaba de manera íntegra la base del equipo del ascenso y mantenía contrastadas premisas de austeridad económica ante la difícil tarea de mantener la categoría y no volver a descender a Segunda a las primeras de cambio, pues la permanencia en la máxima categoría era esencial para poder sanear las cuentas del club.
En la temporada 1980/81, Antonio Pérez-Gascón Cobos, directivo que había formado parte de la junta del anterior presidente, accede a la presidencia, y con el llega al banquillo Antonio Fernández Benítez. En el verano de 2009 cambia su denominación a Atlético Malagueño, tras ser aprobado el cambio por la RFEF el 9 de julio, siendo desde el punto de vista deportivo una temporada triste al quedarse con la miel en los labios y no poder promocionar tras ser sexto en Liga. Con destacados jugadores como Migueli, Sebastián Viberti, Juan Antonio Deusto y José Díaz Macías, el club consiguió en estos años consecutivos en la élite algunos de sus mejores logros hasta el día de hoy, como dos séptimos puestos (las mejores clasificaciones en su historia en Primera División) en las temporadas 1971/72 y 1973/74, un premio Ricardo Zamora (el único en las vitrinas del club) en la temporada 1971/72 conseguido por el portero Deusto, y la mejor participación en la historia del conjunto malaguista en la Copa del Rey, alcanzando las semifinales en la temporada 1972/73 y quedando a un solo paso de alcanzar la final tras ser eliminado por el Athletic Club de Bilbao.
Cuando el Málaga Club de Fútbol se convierte en el principal equipo profesional de la ciudad, se produce un proceso de grand